Dedibox à l'heure actuelle ne fournit qu'une version 2007.0 de Gentoo en 32 bits.
Les core duo 2 sont des cpus 64bits en emulation amd64, voici les étapes à suivre pour installer une 2008.0 en 64bits:

Installer d'abord ubuntu en 64 bits pour avoir un rescue en 64 bits oui c est nul ...
Choisissez un partionnement qui ressemblera à votre future installation cela vous évitera de devoir le refaire à la main.

Une fois l'installation terminé, lancez la console de secours par l'interface dedibox, connectez vous

EDIT: ATTENTION dans mon exemple la swap est sur /dev/sda1 et mon / sur /dev/sda2, rien ne vous oblige à suivre le même partionnement, l'installation est la même que pour gentoo standard, la seule nuance réside dans le fait de faire cela a distance sans live cd, et d'avoir un kernel qui boot correctement.

mkdir /mnt/gentoo
mount /dev/sda2 /mnt/gentoo
cd /mnt/gentoo/
wget ftp://ftp.free.fr/pub/Distributions_Linux/Gentoo/releases/amd64/2008.0/stages/stage3-amd64-2008.0.tar.bz2
tar xvjpf stage3-amd64-2008.0.tar.bz2 
rm stage3-amd64-2008.0.tar.bz2 
wget ftp://ftp.free.fr/pub/Distributions_Linux/Gentoo/snapshots/portage-20080806.tar.bz2
tar xvjf portage-20080806.tar.bz2 -C /mnt/gentoo/usr

Editez /mnt/gentoo/etc/make.conf pour y faire figurer les infos suivantes:

CFLAGS="-march=nocona -O2 -pipe"
CXXFLAGS="${CFLAGS}"
MAKEOPTS="-j3"
GENTOO_MIRRORS="ftp://ftp.free.fr/mirrors/ftp.gentoo.org/ "
SYNC="rsync://rsync.europe.gentoo.org/gentoo-portage"

cp -L /etc/resolv.conf /mnt/gentoo/etc/
mount -t proc none /mnt/gentoo/proc
mount -o bind /dev /mnt/gentoo/dev
chroot /mnt/gentoo /bin/bash
env-update
source /etc/profile
export PS1="(chroot) $PS1"
emerge --sync

Editez /etc/locale.gen

en_US ISO-8859-1
en_US.UTF-8 UTF-8
fr_FR ISO-8859-1
fr_FR@euro ISO-8859-15
fr_FR.UTF-8 UTF-8

locale-gen
cp /usr/share/zoneinfo/Europe/Paris /etc/localtime
emerge gentoo-sources
cd /usr/src/linux

Pour le kernel il vous faut le module r8169 pour la carte réseau, et choisir Core duo 2 cpu Family 6, voici un fichier de config pour le kernel-2.6.25-gentoo-r7 qui fonctionne.

Editez /etc/fstab

/etc/fstab
/dev/sda2               /               ext3            noatime         0 1
/dev/sda1               none            swap            sw              0 0

Attention chez moi la swap est en début de disque en général, vous avez un /boot et un / qui peuvent être ailleurs voir la doc d'install de gentoo.
Editez /etc/conf.d/hostname

Editez /etc/conf.d/net

dns_domain_lo="nobugware.com"
config_eth0=( "88.191.xx.xx netmask 255.255.255.0 brd 88.191.xx.255" )
routes_eth0=( "default via   88.191.xx.1" )

Editez /etc/hosts

emerge -uDv system
emerge reiserfsprogs mirrorselect metalog ...
rc-update add metalog default
emerge vixie-cron
rc-update add vixie-cron default
crontab /etc/crontab
Editez /boot/grub/grub.conf
default 0
timeout 30

title Gentoo Linux

root (hd0,1)
kernel /boot/bzImage root=/dev/sda2

Ici encore attention chez vous le root n'est peut être pas sda2 ni (hd0,1)

grub>  root (hd0,
 Possible partitions are:
   Partition num: 0,  Filesystem type unknown, partition type 0x83
   Partition num: 1,  Filesystem type is ext2fs, partition type 0x83

grub>  root (hd0,1)
 Filesystem type is ext2fs, partition type 0x83

grub> setup (hd0)
 Checking if "/boot/grub/stage1" exists... yes
 Checking if "/boot/grub/stage2" exists... yes
 Checking if "/boot/grub/e2fs_stage1_5" exists... yes
 Running "embed /boot/grub/e2fs_stage1_5 (hd0)"... failed (this is not fatal)
 Running "embed /boot/grub/e2fs_stage1_5 (hd0,1)"... failed (this is not fatal)
 Running "install /boot/grub/stage1 (hd0) /boot/grub/stage2 p /boot/grub/menu.lst "... succeeded
Done.

emerge openssh
rc-update add sshd default
rc-update add net.eth0 default

Configurer /etc/conf.d/clock
Ajouter un passwd root eventuelement
emerge sudo et le configurer

useradd -m -G users,wheel,audio -s /bin/bash john
passwd john
umount /mnt/gentoo/boot /mnt/gentoo/dev /mnt/gentoo/proc /mnt/gentoo
reboot

Vous avez une Gentoo 2008.0 64 bits sur votre dedibox XL.

Merci Juju pour les tests :)