Avant toute chose installer l'outil gentoolkit

emerge -av gentoolkit

Ces nouvelles commandes vont vous permettre de:

A quel port appartient un binaire:

 equery belongs cjpeg
 [ Searching for file(s) cjpeg in *... ] 
media-libs/jpeg-6b-r8 (/usr/bin/cjpeg)

Quels sont les dépendances d'un port:

equery depends gd
[ Searching for packages depending on gd... ]
dev-lang/php-5.2.6-r7 (gd-external? media-libs/gd)

Quels sont les fichiers installés par un package:

 equery files less
[ Searching for packages matching less... ]
* Contents of sys-apps/less-418:
/etc
/etc/env.d
/etc/env.d/70less
/usr
/usr/bin
/usr/bin/code2color
/usr/bin/less
/usr/bin/lessecho
/usr/bin/lesskey
/usr/bin/lesspipe.sh
/usr/share
/usr/share/doc
/usr/share/doc/less-418
/usr/share/doc/less-418/NEWS.bz2
/usr/share/doc/less-418/README.Gentoo.bz2
/usr/share/doc/less-418/README.bz2
/usr/share/man
/usr/share/man/man1
/usr/share/man/man1/less.1.bz2
/usr/share/man/man1/lessecho.1.bz2
/usr/share/man/man1/lesskey.1.bz2

Mettre à jour vos machines en s'assurant que tous les USE soient respectés, si vous changez une variable USE en ajoutant mysql par exemple, il est en théorie nécessaire de recompiler tous les packages qui peuvent avoir ce use flag, puis enlever le --pretent

emerge --update --deep --newuse world --pretend

Vérifier que chaque binaire référence une librairie encore existante sur votre sysème:
Après une mise à jour il se peut par exemple que la libgdbm ai changé de révision majeure libgdbm.so.3, un binaire linké à cette librairie en libgdbm.so.2 ne fonctionnera plus, c'est le role de revdep-rebuild de retrouver quels binaires doivent être recompilé.

Enlever les versions obsolètes d'un package:

emerge --prune gentoo-sources